舊金山位於太平洋板塊和北美板塊相交地帶，兩塊板塊反相水平移動。聖安地列斯(San Andreas)斷層便在此垂直貫穿加州，斷層板塊位移凝聚的壓力一旦釋放，便會造成地震，使舊金山處於嚴重的地震威脅之中。舊金山史上便經歷了兩次嚴重的地震：一次在1906年，芮氏8.25級的地震使整個舊金山成為廢墟；另一次在1989年，海灣大橋的部份上層車道坍塌至下層車道，高速公路成為大型三明治，亦造成不少傷亡。

聖安地列斯斷層切斷了舊金山以北雷司角(Point Reyes)與美洲大陸的聯繫，雷司角位於太平洋板塊上，自1906年舊金山大地震之後至今，這個半島已整整偏移了6公尺，目前正以每年約5公分的速度向北漂移。

舊金山灣的源頭在內華達(Nevada)山脈中，Sacramento River(沙加緬度河)與San Joaquin River會流後向西流入舊金山灣。舊金山灣內有太平洋鯡魚、大鱗大麻哈魚、豹斑鯊、牡礪、蝙蝠鰩、白鱘、星斑川鰈、加利福尼亞大比目魚、鄧杰內斯蟹等漁產。(編按: 胖胖的生物成績很爛，這些東西大部份都不認識，其實就是產很多種魚、蟹、牡礪等的意思)。近來因為污染，相關單位呼籲勿食灣內捕撈之漁穫。

Sausalito的水鳥 (1997. 4月攝)

舊金山灣區周圍的沼澤成為許多鳥類的棲息地。諸如一般的潛鳥、燕鷗、太平洋黑雁、大白鷺、紅翼黑鳥、黑腹濱鷸、大理石塍鷸、半蹼鷸、游隼等，灣區在春天的高峰時期可容納高達一百萬隻的鳥類棲息，漁人碼頭的海獅則是舊金山景觀之一。

春天加利福尼亞洋流流經舊金山沿岸，使沿岸海域充滿浮游生物，為水生動物提供了充足的食物。

陸上植物方面，灣區四周有紅杉、橡樹、矮樹叢、桉樹等.....都市野生動物則有麻雀、岩鴿、海鷗、椋鳥、蜂鳥、山雀、松鼠、臭鼬、浣熊等。

07-27-04 updated / 05-12-99 Ponpon Lin